员工擅自离职，如果用人单位没有及时办理解除劳动合同手续，员工很可能会回来向用人单位主张工资、加班费等;并且此时用人单位与员工的劳动关系，在法律上依然存续，这时若员工在外发生人生意外伤害，尤其是死亡的，其家属极有可能把责任以及赔偿问题，推到公司、用人单位身上。
二、员工擅自离职怎么处理
首先，用人单位应当以书面形式送达通知书，限定员工在指定是时间内回公司上班，并提出如限期内不上班的处理措施。其次，当员工擅自离职达到可以辞退的标准时侯，用人单位应当将解除劳动关系的事宜公开，并以书面形式送达离职通知书给员工，通知其前来办理交接工作以及离职手续。
至于通知书的送达，用人单位应采取挂号信或ems形式，将通知书送达至员工信息登记的住址、身份证地址，或者经济联系人地址，并保存好回执。送达日期，以签收日期为标准。若员工不签收，或邮寄信被退回，用人单位应当完好保留邮寄信，如有争议发生，至开庭时方才当仲裁员的面打开邮寄信，以证明用人单位履行了通知义务和用人单位解除劳动合同的意愿。必要时，用人单位可以在报纸上登声明。
另外，如果员工违反劳动合同中约定的保密义务或者竞业限制的，造成用人单位损失的，用人单位可以申请仲裁，要求员工赔偿损失。如果用人单位为员工支付了培训费用，而员工未到期离开的，用人单位可以要求劳动者赔偿培训费。如果员工未与公司办理离职手续就到其他公司上班，造成原公司损失的，公司可以要求员工赔偿损失。
三、如何预防擅自离职的发生
1、制定规范的企业人力资源规章制度。企业人力资源规章制度中，应当明确员工辞职的，必须提前三十天以书面的形式通知用人单位，并办理完相关的交接工作、离职手续，方可离职。同时，制定详细的《员工入职申请表》。表中要求员工填写部分，要包含员工联系方式、现住址、身份证住址、紧急联系人联系方式以及紧急联系人联系住址等。员工入职时，应当让其明确填写以上资料，并注明当以上员工资料、通讯方式、地址等发生变动的时候，员工应及时以书面形式告知用人单位，否则，一切法律后果、责任有员工本人负责。
2、在企业人力资源规章制度中，应明确规定因员工擅自离职给用人单位造成损失的，员工应予赔偿并约定赔偿的范围，根据法律规定，可以要求员工赔偿下列损失：

(一)用人单位招收录用其所支付的费用;

(二)用人单位为其支付的培训费用，双方另有约定的按约定办理;

(三)对生产、经营和工作造成的直接经济损失;

(四)劳动合同约定的其他赔偿费用。
3、在有必要的时候，企业应当在员工入职时，与员工签订《保密协议》，特别是针对一些特殊、敏感、容易接触到公司机密、技术的部门、岗位的员工。同时，应当在企业人力资源规章制定相关的《保密制度》，明确员工的保密义务和责任，使其在离职后仍然负有对企业商业秘密等的保密义务;
4、企业在招聘员工的同时，可以同时考虑加强对员工的背景调查(包括学历、身份证等)，选择适合、符合本企业企业文化的员工;在薪酬制度方面，渐进式、具有吸引性和增长空间的薪酬设计，能加强企业对员工的吸引力;同样，良好的企业福利，也能加强员工对企业的归属感。
员工擅自离职怎么处理呢也是许多企业单位必须考虑的问题，处理员工不是目的，其最终目的是提醒各位员工要认真履行自己的职责，对单位对岗位尽职尽责。对于擅离职守的员工，单位也是劝导教育为主，但是屡教不改的，多少企业都会选择让员工离职，降低公司的损失。