一、员工擅自离职怎么办
首先，遇到员工擅自离职的，用人单位应当以书面形式送达通知书，限定员工在指定是时间内回公司上班，并提出如限期内不上班的处理措施。
其次，当员工擅自离职达到可以辞退的标准时侯，用人单位应当将解除劳动关系的事宜公开，并以书面形式送达离职通知书给员工，通知其前来办理交接工作以及离职手续。
至于通知书的送达，用人单位应采取挂号信或EMS形式，将通知书送达至员工信息登记的住址、身份证地址，或者经济联系人地址，并保存好回执。送达日期，以签收日期为标准。若员工不签收，或邮寄信被退回，用人单位应当完好保留邮寄信，如有争议发生，至开庭时方才当仲裁员的面打开邮寄信，以证明用人单位履行了通知义务和用人单位解除劳动合同的意愿。必要时，用人单位可以在报纸上登声明，自通告之日起满30天视为送达。
另外，如果员工违反劳动合同中约定的保密义务或者竞业限制的，造成用人单位损失的，用人单位可以申请仲裁，要求员工赔偿损失。如果用人单位为员工支付了培训费用，而员工未到期离开的，用人单位可以要求劳动者赔偿培训费。如果员工未与公司办理离职手续就到其他公司上班，造成原公司损失的(有实际数字证据)，公司可以要求员工赔偿损失。 如果擅自离职，没有办完合法手续，出现相关劳动方面问题，劳动者需承担一部分责任，员工要离职法律程序，是维护自身权益的最好方式。
二、员工擅自离职工资是否扣发工资
劳动关系双方依法解除或终止劳动合同时，用人单位应在解除或终止劳动合同时，一次付清劳动者工资。
劳动合同即将到期终止，恰遇员工生病，劳动合同需法定顺延，那么顺延期间公司是否需要与员工签订一份书面的劳动合同，如果不签订，是否需承担不签合同双倍工资的法律责任?
劳动者患病或者非因工负伤，劳动合同应当续延至医疗期满时才能终止。所谓顺延，是指劳动合同要按照原先的内容再履行一段时间。由于是法定的顺延，即相当于在顺延期间，也是在履行劳动合同，双方不需要另行签订书面合同，用人单位也不用承担不签合同的法律责任。如果遇到这种法定顺延的情形，可以向劳动者发出一份书面的顺延通知，这样比较有利于避免争议的发生。员工患病且医疗期已过，劳动合同到期用人单位不续签，那么除了经济补偿外，用人单位是否还要支付医疗补助费?
劳动者患病或者非因工负伤，合同期满终止劳动合同的，用人单位应当支付不低于六个月工资的医疗补助费;对患重病或绝症的，还应适当增加医疗补助费。
以上便是对问题员工擅自离职怎么办，员工擅自离职扣发工资吗的简单回答，从上文中可以看出员工擅自离职是非常不理智的行为，而且还可能会对工作单位造成一定的损失。可以说如果员工擅自离职达到了公司解雇员工的条件公司便可以直接解雇离职员工。