(1)民主议定原则和合法性原则。村民自治必须是真正的大多数村民的集体意志，而不是某个人或某些少数人的意志，且该意志不能违反法律的强制性规定。《中华人民共和国村民委员会组织法》第二十条第二款规定：“村民自治章程、村规民约以及村民会议或者村民代表会议讨论决定的事项不得与宪法、法律、法规和国家的政策相抵触，不得有侵犯村民的人身权利、民主权利和合法财产权利的内容”。一些农村部分村民的土地收益权得不到保护，与人们对村民自治的模糊认识有很大的关系，其所依仗的就是村民自治制度所赋予的一些权力，其实这是对村民自治权力的滥用。在一个民主和法治的国家，任何形式的自治都不能同国家的依法行政相违抗，任何形式的自治章程都不能同国家的法律相抵触，任何形式的社区民主决定都不能损害公民的基本权利。因此，那些同国家法律、法规和国家政策相抵触的自治章程、村规民约以及村民民主决定都是自然无效的。村民自治必须在民主和法治的轨道上才能获得健康发展，必须做到既要充分发扬民主又要遵守法律。

(2)平等原则。在进行征地补偿款分配中，要充分保障每个集体经济组织成员或村民享有平等的待遇，正确地处理利益关系。之所以会出现剥夺少数成员或村民征地补偿款分配的收益权，主要受经济利益驱动的影响，农村集体经济组织每次的收益和征地款分配总量是恒定的，为了更多的分配集体收益，惟有通过减少应分款人数来实现多数村民的最大利益化，因此，公正、公平地分配征地款是保障每个成员或村民享有土地收益权的前提。

(3)权利、义务相一致原则。集体成员在享有分配利益的同时要考虑其对集体所尽义务的大小，做到权利与义务相一致，公平合理地分配征地款。

在明确了农村征地补偿款分配的受益主体和农村征地补偿款分配纠纷的处理原则后，对当前农村征地补偿款分配中存在的突出问题应合理的予以解决：

1、关于嫁城女及所生子女的问题。与城镇职工、居民结婚的农村妇女(嫁城姑娘)，由于政策规定不能到男方落户的，且居住地也未迁离、享有地权的，应当保证其享有村民同等待遇。其所生子女是农村户口的，属有地权主体，应与其母等额分配。

2、关于入赘婿的问题。对于入赘婿及其所带的子女，只要户口已迁入，且居住在当地，其迁出地已不享有地权的，应保证其享有村民同等待遇。

3、关于离婚或丧偶的妇女的问题。妇女离婚或丧偶后仍在原居住地生活，户籍仍在当地，且原居住地村(组)保留其原有地权的，应与本村村民等额分配土地收益;若不在原居住地生活、其新居住地地权尚未落实的，原居住地所在村(组)应保留其地权，并与村民等额分配收益。

4、关于农村五保户收养子女的问题。对依据《收养法》办理了相关手续，已在当地村组落户的养子女，也应与村民等额分配。

5、关于农业户口入学的大、中专在校学生的问题。农业户口入学的大、中专学生以及毕业后未就业前，因就学已将户口从农村迁出，但从经济来源看，家乡地权仍是他们主要的依赖条件，为确保学生能完成学业，可当有地权看待，应与村民等额分配或适当分配。

6、关于进城打工人员的问题。进城打工人员，户籍仍在当地，仍依附于村集体土地，而不是对地权的放弃，打工是为了挣钱弥补生产和生活所需，不能取消村民待遇，必须与本村村民等额分配。

7、关于超生子女的问题。对于违反了国家计划生育政策生育的子女，如已接受处罚，并已执行到位、户口已登记的，应当给予地权，与村民等额分配

8、关于服现役的义务兵的问题。凡农业户口的服现役的义务兵，不能停止其受益分配;如在部队一旦提干或转志愿兵，有了固定工资，应停止其受益分配。