1.原理不同

零税率代表有纳税义务，只不过由于税率是“零”，计算出的应纳税额是零。

免税是指免除了纳税义务。

两者有重要的差别。虽然两种方法看似都是对某些纳税人或征税对象给予鼓励、扶持或照顾的特殊规定。但是，由于增值税有一个链条的原则，免税因为不征收销项税额，同时进项税额不可抵扣应该转出。

而零税率，增值税链条并没有断，所以是不必要进行进项转出，为了生产零税率而购入的产品或服务等的进项是可以抵扣的。增值税零税率不仅是本交易环节（或流通环节）的增值额部分不用缴纳增值税，而且，以前各交易环节（或流通环节）的累积增值额也不用缴纳增值税，具体通过允许抵扣进项税额来实现。零税率比免税还优惠。

2.适用范围不同

增值税零税率仅仅适用于境内单位和个人发生的跨境应税行为，而增值税免税政策不限于跨境应税行为，也适用于境内发生的应税行为。

零税率是增值税税率的一种，所以增值税零税率政策仅适用于一般纳税人，不适用于小规模纳税人。增值税免税政策适用于一般纳税人和小规模纳税人。

3.税收管理要求不同

零税率是增值税税率的一种，只要符合税法规定，就可以适用增值税零税率，并按月向主管退税的税务机关申报办理增值税退（免）税手续。

增值税免税是一项税收优惠政策，一般需报税务机关备案。